Bu çalışmada, ABD tarafından İran’a isnat edilen terör tartışmaları bağlamında vaka analizi olarak İran-El Kaide ilişkileri ele alınmıştır. Bu ikili arasındaki sürecin tarihsel arka planı, ilişkilerin hangi minvalde kurulduğu ve geçirdiği yapısal dönüşüme dair sorulara cevap aranmıştır. Bu konu hakkında yapılan araştırmalara göre ikili arasındaki ilişkilerin 11 Eylül öncesine dayandığına dair çeşitli analizler yer almıştır. 11 Eylül sonrasında İran-El Kaide ilişkileri hakkında çıkan çalışmalarda önemli derecede artışlar görülmüştür. Çünkü iki taraf arasındaki ilişkiler farklı bir boyuta evirilmiştir. Bu bağlamda ortaya objektif bir analiz çıkarmak adına Amerikalı dış politika karar vericilerinin bu konu hakkındaki söylemleri, El Kaide liderlerinin verdiği demeçler, İranlı siyasilerin argümanları, istihbarat belgeleri, akademik çalışmalar ve haberler taranarak karşılaştırılmalı bir perspektif ortaya konulmaya çalışılmıştır. Çalışmanın ana sorunsalı, İran-El Kaide ilişkilerinin yapısı tartışılarak iki farklı mezhebe ve ajandaya sahip olan bu ikiliyi birbirlerine yakınlaştıran ve uzaklaştıran etkenlerin analiz edilmesi ve kavram içerisine oturtulmaya çalışılmasıdır. Literatür taramasında, İran-El Kaide ilişkilerinin içeriği hakkında muhtelif görüşler olmasına rağmen konu hakkında ortak bir kavram birliğine varılamadığı müşahede edilmiştir. Çalışmada İran-El Kaide ilişkilerini mercek altına almak için “süreç izleme yöntemi” kullanılmıştır